몽골 반부패청(IAAC)은 2012년 4월 그를 체포했다. 국유자산인 공장과 호텔을 가족에게 불법 소유한 혐의를 받고 있기 때문이다. 당시 엔크바야르는 "이것은 나만의 문제가 아니라 몽골 정계 전체의 관행"이라며 정치적으로 탄압을 받았다고 주장했다. 당시 그는 국회의원 선거에 참여하고 싶었지만 법원 조사로 인해 선거 관리위원회에서 후보자로 거부되었습니다. 그는 구금 중에 단식농성을 했고, 그와 절친한 사이였던 반기문 유엔 사무총장이 몽골 대통령에게 전화를 걸어 이 문제가 적절하게 처리되어야 한다고 보고했다.

재판에 회부된 엔크바야르는 최종 판결에서 직권남용 혐의로 징역 2년 6개월을 선고받았다. 이후 그는 고위 공직자들을 전문으로 진료하는 제2종합병원에서 대부분의 시간을 보내다가 지난해 8월 건강상의 이유로 대통령으로부터 사면을 받았다.