두 가지의 차이는 제작 방법, 영양가치이다.

1. 만드는 방법이 다르다. 훈제 식초는 보통 식초를 고온환경에 넣어 발효시켜 만든 조미료이다. 식초는 일반적으로 수수, 쌀, 옥수수 등의 음식을 발효시켜 만든 신맛 조미료이다.

2. 보존 시간이 다르다. 훈제 식초는 일반적으로 1 ~ 2 년 동안 보관할 수 있고, 진식초는 일반적으로 1 ~ 2 년 동안 보관할 수 있다.

3. 영양가가 다르다. 훈제 식초에는 아세트산, 젖산, 미네랄 등 영양성분이 풍부해 적절히 먹으면 위산 분비를 촉진시켜 식욕을 어느 정도 증강시킬 수 있다. 진식초에는 아미노산, 유기산, 비타민 등 영양성분이 풍부해 적절히 먹으면 위장연동 운동을 촉진시켜 소화를 촉진하는 역할을 할 수 있다.